El triunfo de San Román trajo la amnistía. El banquete a José Gálvez el 3 de Noviembre de 1862 lo consagró como jefe del sector avanzado y juvenil del liberalismo y fué el anuncio de una nueva acción liberal. José María Samper desde la "Revista Americana" aconsejaba a los liberales que apoyaran a San Román sin ambages y conquistaran posiciones o que prescindiendo del poder se organizaran en núcleos departamentales y provinciales, en ateneos populares haciendo una labor de prédica aprovechando de la falta de espíritu reaccionario en el gobierno. Pero, por desgracia, no hubo nada de eso. Las luchas por las elecciones municipales de 1863 revelan la falta de acción coherente de los liberales.

A falta de acción sistemada en la política interna, ellos fomentaron a poco una generosa y vibrante campaña de defensa continental ante la intervención europea en Méjico y Santo Domingo. Meetings, periódicos, canciones la expresan. Se sentían los herederos de los próceres de la Emancipación y al defender a América, defendían las instituciones democráticas pues el peligro venía de europeos y de monarquistas. A este espíritu pertenece la actuación de Corpancho en Méjico. Leal con el espíritu de su generación, Corpancho, a pesar de ser diplomático peruano, se alía con los revolucionarios y es expulsado por el gobierno monarquista mejicano. Los autoritaristas y conservadores veían, en cambio, muchas veces, con simpatía la intervención extranjera, se sentían más bien europeos.

Más tarde aquella agitación continentalista hubo de localizarse en el Perú por la actitud de la llamada expedición científica de la escuadra española al ocupar las islas de Chincha. El creciente fervor patriótico azuzado por los liberales — hay que recordar la virulenta campaña de Químper en "El Perú" — desentonó con la actitud transigente de Pezet y la revolución se hizo inevitable. Y de nuevo en 1865 la tragedia de 1855: el militarismo tenía en sus manos los poderes de la acción, el "grito" partió de un coronel y los liberales quizá con abnegación amarga se limitaron a asesorarlo, Triunfante la revolución, se constituyó el famoso gabinete Gálvez que puede también recibir el nombre de un famoso gabinete inglés: "todos talentos". Pero allí no había cohesión doctrinaria: como ha dicho Casós, los miembros de este gabinete eran disímiles: Pacheco era conservador, Pardo hasta entonces no había tenido color político y más bien había estado cerca del conservadorismo, Gálvez era ardiente radical, Químper liberal exaltado y Tejeda pacífico demócrata. Pero los doctrinarios prefirieron esto a dividir sus fuerzas ante el enemigo aguardando el fin de la guerra "para operar con la elección de Gálvez, sigue diciendo Casós, el restablecimiento definitivo del gobierno liberal. El país tuvo la desgracia de perder el 2 de Mayo al único hombre inquebrantable de estos tiempos, pérdida que trastornó lo que quedaba". Por eso, Gálvez más que el símbolo bélico que encarna por su muerte en el puesto de honor en el combate del 2 de Mayo, es, como lo han reivindicado ya Francisco Mostajo y Jorge Guillermo Leguía, símbolo de la ecuación entre el ideal y la conducta, del espíritu de lucha y de sacrificio, del amor a la democracia: con él pudo venir una mano fuerte para producir disciplina y organización dentro de un plan de política de reforma social, lo que es tan diferente a la mano sanguinaria de un Salaverry por ejemplo sin norte ideal y por vesánico impulso.

La Constituyente que se reunió en 1867 tuvo varios pecados originales. El ministro Químper decretó la elección de un presidente constitucional y de una Constituyente, contrasentido que se agravó con el entronizamiento de Prado que este formulismo implicara gracias a los laureles del 2 de Mayo y a la prolongación de la dictadura. Con algunas figuras interesantes (Químper, Saavedra, García Calderón, Casós) la Constituyente tuvo algunos debates de relieve. Así, el que hubo con motivo de la contribución personal, renovada por decreto dictatorial y suprimida por acción del Congreso. Y el que se produjo alrededor de la cuestión religiosa, aprobándose no obstante los magistrales discursos de Casós, el principio de que la nación profesa la religión católica por 69 votos contra 17; el de que el Estado la protege, por 71 contra 11; el de que no permite el ejercicio de otra alguna, por 43 contra 40. En cambio aprobáronse artículos declarando completamente libre la enseñanza primaria, media y superior y estableciendo el uso de la imprenta sin responsabilidad en asuntos de interés general. Esto provocó un meeting en la plaza Bolívar convocado por el párroco Carassa y agresiones a algunos diputados que luego trajeron la censura al ministerio y el impasse entre el Ejecutivo y el Legislativo. Prado se echó en brazos de la reacción. Hubo nuevos rozamientos entre ambos poderes, llegando a despachar los ministerios durante quince días los oficiales mayores y teniendo el propio Prado que acudir al Congreso.  Se produjo la crisis en la Constituyente, también desprestigiada   por   sus   largos debates y por su carencia de una figura capital; el militarismo (un militarismo menor, de Jefes provinciales) surgió en el norte y en el sur encarnando el descontento de las clases de orden y Prado hubo de defender un organismo constitucional con el que estaba en íntimo desacuerdo. El Congreso se cisionó al no querer otorgar facultades extraordinarias al Ejecutivo ante la revolución y al reclamar por la prisión del diputado Herencia Zevallos; vino la suspensión de sesiones por el fraccionamiento de los grupos (llegaron a haber tres) y poco después de la clausura realizada por la falta de acuerdo vino el retiro de Prado por su falta de fortuna en las operaciones militares, y el restablecimiento de la Carta del 60. Sin embargo, la Constitución del 67 tiene algunas disposiciones más avanzadas que la del 56, acaso porque había entrado más luz por la trocha abierta desde el 55. Así, reconoce la libertad de enseñanza, la libertad de imprenta sin restricciones; limita la contribución personal por tiempo determinado; otorga el sufragio a todos los ciudadanos en ejercicio; establece el Congreso de una cámara. Como la del 56, estatuye la remoción de empleados por causa legal, la inviolabilidad de la vida humana, la supresión de los fueros, el sufragio directo, la reunión anual del Congreso, el control legislativo sobre los ascensos desde mayor graduado, la inexistencia de las facultades extraordinarias, la vacancia de la presidencia de la República por impedir la reunión del Congreso, las Juntas Departamentales, las Municipalidades, la subordinación de la obediencia militar a la Constitución. Es diferente a la del 56 en la supresión del vicepresidente, en la pérdida de la ciudadanía por adquirirla en Estado monárquico, en la cláusula sobre peruanos de nacimiento y extranjeros. En las elecciones de 1868 surge en vano la bandera de la candidatura civil de Ureta: una vez más, las ánforas electorales debían sancionar el éxito en la campaña y el coronel Balta, uno de los triunfadores en la reciente revolución, fué elegido. Ureta, no tenía relieve doctrinario, a pesar de que continuaba, débilmente el impulso liberal tendiendo a crear un progresismo cauto y un civilismo de clase media, incompatibles con el militarismo entronizado y con la plutocracia naciente. Cabe decir al mismo tiempo que después de Herrera el clericalismo pierde gallardía: su acción se reconcentra en "La Sociedad", en polémicas sobre cuestiones canónicas, en la defensa de sinecuras en cierto amodorramiento, a pesar del talento de Pedro José Calderón, de monseñor Roca, de monseñor Tovar.

En el gobierno de Balta se perfila un sentido más pragmático de la vida a base de intereses económicos. Pero algunos restos quedan del hervor liberal: la manifestación de 20 de Setiembre de 1871 a favor de la toma de Roma, y que fué disuelta por la policía, es un dato. La candidatura de Pardo llevada por los intereses perjudicados con Balta y convertidos en clase semicapitalista y aristocrática, apareció con  evidente popularidad por el desprestigio de Balta a causa de sus audaces medidas financieras y su carácter violento; y a causa también de los méritos de Pardo como ministro, director de Beneficencia y alcalde, de su bandera civil contra la burocracia militar, de sus nuevos hombres y nuevas orientaciones bajo el lema "república práctica". El sentido liberal y hasta cierto punto ético del primer civilismo quedó relegado en la candidatura Ureta aunque borrosamente. Algo de liberalismo hubo sin embargo en esta iniciación del partido civil: Pardo contó con la oposición del periódico "La Sociedad" que encarna junto con "El Progreso Católico" (donde hiciera sus primeras armas don Nicolás de Piérola) el clericalismo post-Herrera. Y en el gobierno de Pardo fueron organizada la guardia nacional y reformado el ejército, hubo un ensayo de descentralización con el restablecimiento de las Juntas Departamentales, se exaltó la importancia de los registros civiles. El civilismo, fusión de una clase plutocrática con parte de la nobleza genealógica, fué así primero liberal; y es que capitalismo y liberalismo fueron dos frutos del siglo XIX, nacidos por idéntica reacción. La economía individualista, típica en el capitalismo (libre concurrencia, producción individual, no intervención del Estado) consuena con los dogmas también individualistas del liberalismo político. Y no había sido una casualidad que el hombre que primeramente enarbolara la bandera de la presidencia civil, don Domingo Elías, fuera uno de los comerciantes más afortunados de su época. Apenas madurada una clase semicapitalista, debía ser semiliberal. Pero no todos los liberales fueron al civilismo. Tiene a veces esa doctrina un sentido de apostolado, de valor moral cuyo índice en aquel momento puede estar en Mariano Amézaga. Amézaga se reveló entonces escribiendo su folleto "Los dogmas fundamentales del catolicismo ante la razón" donde llama a las religiones creencias absurdas, prácticas ridículas, sosteniendo el carácter humano de Cristo y por eso el anacronismo de algunas de sus concepciones. Amézaga, según propia confesión, "enemigo personal de Dios" fué también enemigo personal de Pardo y escribió su tremendo folleto "Galería financiera" en que se inicia la literatura anticivilista. Novelesco es también el caso de Fernando Casós, que pierde su prestancia doctrinaria y aún su relieve personal sumándose en una hora de extravío a la efímera dictadura de los Gutiérrez, bárbara reacción del militarismo, y haciéndose con ello víctima de acusaciones y de estigma. Durante el gobierno de Pardo, quizá como una coincidencia sintomática, se produce la muerte de Vigil el 9 de junio de 1875 sin que se retractara de sus ideas ni pidiese los santos sacramentos. Además de su labor canonista, reforzada en numerosos folletos y de su obra política, Vigil había sido un propagandista de la paz perpetua, de la federación americana y de los dogmas del gobierno republicano aportando con su pluma una colaboración al examen de todos los acontecimientos de su tiempo, desde el peligro monárquico hasta la declaración de la infalibilidad del Papa. Su obra excepcionalmente voluminosa realizada entre luchas y polémicas (por Vigil, siempre sobre temas elevados y sin insultos ni chocarrerías), en medio de padecimientos físicos y dificultades económicas; su gallardía de polemista, su seguridad dialéctica, su austeridad y su bondad nos lo presentan — aparte de sus errores, naturales por la época y el ambiente en que vivió — con erudición de sabio, abnegación de héroe, visión de profeta, pureza de apóstol, corazón de niño. De Mariátegui, su amigo de toda la vida y compañero en la obra de socabar los privilegios de la Iglesia frente al Estado, lo diferencian su inteligencia poliforme y su dulzura. Los que aman la democracia y la libertad tienen en las obras de Vigil — sobre todo en sus opúsculos sobre gobierno republicano en América, paz perpetua en América, soberanía nacional, catecismo patriótico — bellas frases, nobles ideas, todo un ejemplario. Algún día América reconocerá que Vigil fué uno de sus hijos más grandes.