Pronto a consecuencia de las derrotas, el gobierno de Prado, tambaleante, le ofreció un ministerio. Lo aceptó pero pidiendo libertad de acción que sólo se le quiso conceder meses más tarde, acentuada la crisis nacional. Entonces ya se negó rotundamente. "Los contrastes sufridos son frutos necesarios no sólo de los hombres que están al frente de los negocios sino del régimen en que vivimos y contra el cual he luchado por todos los medios y durante diez años, así en el gobierno como fuera de él" dijo en su diario "La Patria", "Manteniendo ese régimen, es imposible hoy salvar la situación". Fue entonces que el presidente Prado partió al extranjero y ante el peligro de un golpe de mano del general La Cotera, una rebelión militar en la capital llevó al poder rápidamente al caudillo tantas veces vencido. La situación de la guerra era desesperante; pero él no vaciló en asumir plena y orguílosamente la responsabilidad del comando del país en aquella crisis. "Para un pueblo que tiene fé y resolución de salvarse no hay jamás situación que pueda llamarse desesperada", dijo entonces. "Creo que la nuestra dista mucho de serlo; pero aun cuando lo fuese, los hombres de corazón sólo sucumben luchando. La situación está resumida así: si el país ha de salvarse, una transformación pública, radical es inevitable".