Prada fue el fundador del radicalismo peruano, flor de un día cuya ausencia en la evolución ideológica y social ha favorecido el posterior entronizamiento de las teorías extremistas (primeramente el anarquismo y sindicalismo y luego el comunismo en el proletariado y en la nueva generación).

El radicalismo de Prada fue completo. La religión era, por ejemplo, para él, el peor enemigo. "Si la ignorancia de los gobernantes y la servidumbre de los gobernados fueron nuestros vencedores, acudamos a la Ciencia, ese redentor que nos enseña a suavizar la tiranía de la Naturaleza; adoremos a la Libertad, esa madre engendradora de almas fuertes": tal es la fórmula que postula después de las tremendas acusaciones de su magnífico discurso del Politeama. "Ya no profesan — dirá más tarde — con sinceridad el Catolicismo sino dos clases de hombres: los viejos por falta de combustible en la máquina, los jóvenes por escasez de lastre en la mollera".

Para él, la Ciencia (así con mayúscula) conducirá algún día al hombre a la vida de la Razón, es decir, a la felicidad. Los curas no son sino hombres gordos, rapaces, sensuales, farsantes e imbéciles. Véanse éstos ejemplos de "Presbiterianas".

Y por todo esto se revelaba profundamente burgués: burgués ateo, cientifícista "comecuras". Ante el cientificismo ochocentista, gran parte de la burguesía europea adoptó a fines del siglo XIX ese mismo sentimiento. El novelista francés Gustavo Flaubert la satirizó al crear su Mr. Homais, el boticario que no quiere ir a la iglesia "a besar bandejas de plata y a engordar con mi dinero a unos cuantos bribones que comen mejor que nosotros"; que no acepta "un Dios que se pasee con un bastón en la mano, aloje a sus amigos en el vientre de las ballenas, muera lanzando un grito y resucite al cabo de tres días, cosas absurdas en si mismas y opuestas a las leyes de la física"